A partir del 4 de diciembre del 2001 en el interior del santuario Franciscano de Nuestra Señora de Guápulo iglesia y la antigua sacristía han sido habilitadas como museo, el cual funciona bajo supervisión franciscana. El museo tiene tres salas de exposición con obras restauradas, la restauración del santuario de Guápulo y sus bienes culturales fueron realizados desde 1987 hasta 1993.

La planta de la iglesia es una perfecta cruz latina, acentuada por la ausencia de capil las laterales, por lo que los altares y retablos de la nave se desarrollan bajo los arcos lormeros. El crucero se destaca por la alta cúpula de media naranja sobre tambor, exteriormente recubierta de tejuelo verde. Al costado occidental del presbiterio se encuentra una pequeña capilla con un singular retablo que alberga la imagen de la Virgen de Guápulo, mandada a pintar por el párroco Herrera y Cevallos, que recorrió la América española recogiendo limosnas para la construcción del templo. Por el otro costado se encuentra la antigua sacristía, hoy organizado como un pequeño museo, y junto a ésta, construido en épocas posteriores, un espacio para residencia temporal de romeriantes importantes. Tras el testero se construyó el camarín de la Virgen.